La secció de bases de dades del CeDocBiV, dirigida pel Dr. Joan Simon, comprèn les bases de dades de l'herbari BCN, l'herbari virtual, el fons de biodiversitat vegetal del CRAI de la UB (que inclou diverses fonts documentals com ara fotografies, preparacions o correspondència) i altres bases de dades de biodiversitat vegetal generades pels projectes de recerca dels investigadors membres del centre.